home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Belgian Amiga Club - ADF Collection / BS1 part 65.zip / BS1 part 65 / Chemistetics v2.00.adf / Chemesthetics / English / Chemesthetics.doc < prev    next >
Text File  |  1991-01-09  |  13KB  |  343 lines
  1.               Chemesthetics V2.0
  2.  
  3.                 Manual
  4.  
  5.             (C) 1990 by Joerg Fenin
  6.  
  7. 1    What is Chemesthetics
  8.  
  9.       Chemesthetics, a symbiose of the words chemistry and esthetics is
  10.       a program that displays molecules as a calotte model. This kind of
  11.       display contains a certain esthetic attitude, even extremely
  12.       poisonous molecules like nicotine or dioxine look quite nice.
  13.  
  14.       In June 89 a program that did exactly what was described above,
  15.       called CDCHEM has been published in the c't computer magazine. It
  16.       was written by Robert Kaufmann in TurboPascal for an IBM PC.
  17.       Unfortunately it had two great disadvantages: the input of new
  18.       data was extremly uncomfortable, and of course, it was written for
  19.       an IBM PC. So I decided to re-write the program for the Amiga.
  20.       But it wasn't as easy as I had expected. Function calls in Pascal
  21.       are being done by 'call by reference' where as in C they are
  22.       processed by 'call by value'. I didn't like pointer-arithmetic at
  23.       this time very much, so I had some difficulty in working this
  24.       over.
  25.       Finally I was given the deciding kick by a program called P2C that
  26.       translates Pascal into C automatically. A totaly confusing but
  27.       *RUNNING* program was generated, but it was even more
  28.       uncomfortable than the original. So it took me another couple of
  29.       months and a lot of work to write a resonable user interface and
  30.       to make the program readable again.
  31.  
  32.  
  33. 2     Copyright, Distribution etc.
  34.  
  35.       Chemesthetics V2.00 is copyrighted (C) 1990 Joerg Fenin / Metalworx
  36.       The routines of the Arp-library are copyrighted AmigaDos Resource
  37.       Project.
  38.       The routines of the IFF-library are copyrighted Christian A.
  39.       Weber.
  40.       The palette requester is copyrighted (C) 1989 Jonathan Potter.
  41.  
  42.       Chemesthetics is Freeware, that means it may be copied or
  43.       distributed freely as long as the following rules are obeyed:
  44.  
  45.       -     The copyright-information remain unchanged
  46.       -     The following files are distributed *TOGETHER*:
  47.           Chemesthetics (English version)
  48.           Chem_E.dat
  49.           Chemesthetics.doc
  50.         or
  51.           Chemesthetics (German version)
  52.           Chem_G.dat
  53.           Chemesthetics.doc
  54.       -     The copying fee may not be more than DM 5,- rsp. not more
  55.         than $ 5 in the current currency in foreign (out of Germany)
  56.         countries.
  57.       -     None of the files listed above or the source file may be
  58.         part of a commercial product without the (written)
  59.         permission of the author.
  60.  
  61.       Copying and/or distributing is forbidden on PD-series of Stefan
  62.       Ossowski PD-Versand, Rainer Wolf PD-Versand (OASE), Markt &
  63.       Technik Verlag AG, Karstadt AG and all other PD-distributors that
  64.       charge more than DM 5,- / $ 5,- for one disk. I don't see why they
  65.       should make the big money with my work.
  66.  
  67.       As I am very lazy concerning donating money for freeware myself,
  68.       I don't expect to receive any donation for this program. However
  69.       I won't reject it; especially not from chemistry teachers.
  70.  
  71.       For sending me DM 30,- / $ 20 you can become a registered user.
  72.       After sending me the money you will recieve the latest version
  73.       (including serial number) and a *PRINTED* manual.
  74.  
  75.       The program may be ordered at:
  76.  
  77.                  Joerg Fenin
  78.                   Zum Jaegerfeld 19
  79.                    2100 Hamburg 90
  80.                   Germany
  81.  
  82.  
  83. 3     Installation
  84.  
  85.       Copy the Arp- and the IFF-Library into your LIBS: drawer.
  86.       That's it!
  87.  
  88.  
  89. 4     How to use Chemesthetics
  90.  
  91.       The basis for each molecule are atoms. A watermolecule for example
  92.       consists of one oxygen and two hydrogen atoms. The position of the
  93.       atoms must be told to the program as well as the position of the
  94.       light source, the twisting and the reflection of the molecule.
  95.       Out of this data a calotte model of the molecule is calculated.
  96.       Entered data may be saved and restored for later use. A completed
  97.       picture can be saved as an IFF graphics file.
  98.  
  99.  
  100. 4.1   The entering of data
  101.  
  102.       Select 'Molecule data' from the input menu.
  103.       A new window opens where you can enter the data. To do this switch
  104.       the edit gadget to ADD. The cursor appears in the first of the
  105.       input gadgets. Enter here the short sign of the atom, for example
  106.       O for oxygen. Press <RETURN> and the cursor jumps to the next
  107.       string gadget, the position field for the x-coordinate. Enter 160
  108.       for example. Do this analogly for the coordinates for Y and Z.
  109.       Finally enter the radius for the atom. The radius describes the
  110.       size of the atom. The higher the radius the bigger the atom. Size
  111.       relationships of the atoms can be found in a usual chemistry book.
  112.       The axises lay in space as follows:
  113.  
  114.  
  115.             ^    _
  116.           z |    /|
  117.             |  / y
  118.             | /
  119.             |/
  120.             ------> x
  121.  
  122.       You'll find some examples in the .cdm-files.
  123.       Enter all atoms of a molecule one after another. The locations of
  124.       the atoms to each other can be also found in chemistry books. In
  125.       addition you'll find some examples on the disk. With "Project -
  126.       Load molecule" they may be loaded.
  127.  
  128.       After entering all atoms, Chemesthetics needs some data concerning
  129.       the molecule as a whole:
  130.  
  131.       The magnifiction factor (MagnFactor) expresses the magnification
  132.       of the whole molecule. A magnification facter of 1.0 leaves the
  133.       molecule unchanged, a magnification factor < 1.0 shrinks, a
  134.       magnification factor > 1.0 expands the molecule.
  135.  
  136.       The following three values express the twisting of the molecule in
  137.       space. It may be twisted around any of the three axises. Therefore
  138.       enter the desired values in the string gadgets.
  139.  
  140.       Now follow the values for the light source. Chemesthetics uses a
  141.       kind of ray tracing algorithm to create a three dimensional
  142.       appearance for the calotte model. Even shadowing is taken into
  143.       consideration. To do this a vector of the light source has to be
  144.       entered. A resanoble value is for example X=20000, Y=-100000,
  145.       Z=20000. All example molecules on the disk use this vector.
  146.  
  147.       The last value that has to be entered declares the relexion of the
  148.       atoms. The higher the reflection the stronger will the light
  149.       source be reflected in each atom. A value of 100 will reflect the
  150.       light like a mirror.
  151.  
  152.       Is everything correct click on the OK-gadget, to cancel all inputs
  153.       click the CANCEL-gadget or the closegadget.
  154.  
  155. 4.2   Display a molecule
  156.  
  157.       You'll find two menuitems in the menu "Paint", i.e. 'Outline' and
  158.       'Calottes'. If you select 'Outline' just a circle will be painted
  159.       for each molecule. It gives you a quick survey how the molecoule
  160.       will look like. This mode gives you the chance to experiment with
  161.       different data (mostly twists) without having to wait for hours
  162.       just to see it's not what you wanted. Certainly the stereoscopic
  163.       effect may be lost.
  164.  
  165.       If you are satisfied with all the values select 'Calottes'. The
  166.       molecule will be drawn considering all the data including light
  167.       and reflection. Because of the mass of data large molecules like
  168.       dioxine can take up to one hour until they are finished. But the
  169.       result compensates the efforts.
  170.  
  171.       A calotte painting may be interrupted anytime by clicking on the
  172.       left mouse button.
  173.  
  174. 4.3   Save a molecule
  175.  
  176.       In the "Project" menu you'll find, among others, two 'save'-
  177.       menuitems, i.e. 'Save molecule' and 'Save IFF'. Use the first to
  178.       save the molecule as a Chemsthetics datafile, it will get, if not
  179.       changed, the extension .cdm.
  180.       With 'Save IFF' the screen will be saved as an IFF graphics file.
  181.       With the menuitem 'IFF compression' you select wether the file
  182.       will be compressed using the CmpByteRun1 compression algorithm
  183.       (default) (see the documentation of the IFF-library) or not.
  184.       Compression can reduce the size of the IFF-file dramatically so it
  185.       is recommended you do not change the compression default. As far
  186.       as I know all graphic programs like DPaint or Butcher can read
  187.       these files. However you can switch compression off.
  188.  
  189.  
  190.  
  191. 5     Short menu overview
  192.  
  193.  
  194. 5.1   Copyright
  195.  
  196.       Copyright-Information
  197.  
  198.  
  199. 5.1.1 Credits
  200.  
  201.       Information about who supported the completion of this programm
  202.       (and who didn't :-( )
  203.  
  204.  
  205. 5.2   Project
  206.  
  207.       Input and output functions
  208.  
  209.  
  210. 5.2.1 Load Mol (Amiga-L)
  211.  
  212.       Opens the file requester and loads, after selecting the name, the
  213.       corresponding molecule file. If Chemesthetics detects an error in
  214.       the data it will display a warning. In this case it is highly
  215.       recommended that you check the data by selecting
  216.       "Input...molecular data".
  217.  
  218.  
  219. 5.2.2 Save Mol (Amiga-S)
  220.  
  221.       Opens the file requester and saves, after entering or selecting
  222.       the name, the current data as a Chemesthetics data file (.cdm).
  223.  
  224.  
  225. 5.2.3 Save as IFF
  226.  
  227.       Saves the screen as an IFF file. This file may be read by any of
  228.       the current graphic programs (like DPaint or Butcher).
  229.       ATTENTION: Saving is not possible if the IFF-library is not
  230.       (properly) installed. In this case an error message will be
  231.       displayed.
  232.       The IFF file may be compressed (default). See "Preferences...IFF
  233.       compression".
  234.  
  235.  
  236. 5.2.4 End (Amiga-Q)
  237.  
  238.       Terminates the program.
  239.  
  240.  
  241. 5.3   Input
  242.  
  243.       Data input and color changing
  244.  
  245.  
  246. 5.3.1 Molecule data (Amiga-M)
  247.  
  248.       The input window will be opened and, if present, the current
  249.       molecule data will be displayed in a list. You can scroll the list
  250.       with the arrows or the proportional gadget. The atom's data may be
  251.       changed if you click on an atom and the mode gadget is switched to
  252.       "EDIT". You can add new atoms to the molecule if you switch the
  253.       mode gadget to "ADD".
  254.  
  255.  
  256. 5.3.2 Palette (Amiga-P)
  257.  
  258.       Here you can change all of the 16 colors of Chemesthetics. Please
  259.       note that most of the colors are used by Chemesthetics to draw the
  260.       atoms. The color distribution vastly corresponds with Antropow's
  261.       color distribution for atoms.
  262.  
  263.  
  264. 5.4   Paint
  265.  
  266.       Selection of the paint mode.
  267.  
  268.  
  269. 5.4.1 Outlines (Amiga-O)
  270.  
  271.       Draws only the outlines of each atom. It serves as a quick survey
  272.       wether the entered data is right or wrong. Reflection, shadowing
  273.       etc. are not considered.
  274.  
  275.  
  276. 5.4.2 Calottes (Amiga-K)
  277.  
  278.       Draws a calotte model considering ALL entered data. Because of the
  279.       mass of data it can take up to one hour or more to draw a large
  280.       molecule.
  281.  
  282.  
  283. 5.5   Preferences
  284.  
  285.       Preferences of Chemesthetics
  286.  
  287.  
  288. 5.5.1 IFF compression
  289.  
  290.       Here you can decide wether the IFF file will be compressed
  291.       (default) or not. For compression the CmpByteRun1-algorithm is
  292.       used. Compression may reduce size of the output file dramatically,
  293.       so it is highly recommended you take advantage of this feature. As
  294.       far as I know, all standard graphic tools can read this format.
  295.       However you could switch compression off if you want to. (See also
  296.       the docs for the IFF-library.)
  297.  
  298.  
  299.  
  300. 6     Hints for data selection
  301.  
  302.       Most of the needed data may be extracted from simple chemistry
  303.       books. Calotte models are shown there very often. If they are not
  304.       too complex they may be taken over easily. Also the size
  305.       relationships between atoms are shown in tables or outlines, so
  306.       there is no need to guess.
  307.       To get a feeling for the data you could also have a look into the
  308.       example data files that (should) come with this program. You could
  309.       compare those data easily with the corresponding data in a
  310.       chemistry book. The water molecule for example can be found almost
  311.       every chemistry book.
  312.       May be I will release some more data files later on public domain
  313.       disks.
  314.  
  315.  
  316. 7     Miscalleanous
  317.  
  318.       I would be very pleased to receive suggestions of any kind
  319.       (improvements, error reports etc.). If someone modifies the source
  320.       code I would like to receive a copy. Besides I am interested in
  321.       modifications concerning the new 5.0 Version of the Aztec C Compiler
  322.       or the Lattice C Compiler.
  323.  
  324.       Chemesthetics automatically recognises if it runs on a NTSC- or
  325.       PAL-machine. On NTSC-machines circles will appear as ellipses in the
  326.       current version. This will be fixed in the next version.
  327.  
  328.       This program has been written in C and has been compiled with the
  329.       Aztec C 3.6 compiler. It uses routines of the Arp-Library
  330.       (FileRequest(), CloseWindowSafely()) and the IFF-Library
  331.       (SaveBitMap()).
  332.  
  333.       The program was tested under the following environment:
  334.       Amiga500
  335.       512 KByte RAM Extension
  336.       Kickstart 1.2
  337.       Arp-Library Version 39.1
  338.       IFF-Library Version 16.1
  339.  
  340.  
  341. Chemesthetics V2.00 (C) 1990 Metalwox, state: 23. December 1990
  342.  
  343.